История развития ТФП тесно связана с научной и клинической работой Отто Кернберга. Зарождение метода произошло через крупное эмпирическое исследование примерно в 1961–1975/1976 гг. когда было проведено сравнение эффективности трех подходов в работе с пациентами с тяжёлыми расстройствами личности - поддерживающей, экспрессивной/аналитической психотерапии и классического психоанализа. Ключевой вывод Отто Кернберга заключался в том, что пациенты с пограничной организацией личности значительно лучше реагировали на структурированный подход с активной интерпретацией переноса. Стандартный психоанализ или чисто поддерживающая терапия давали худшие результаты.
Отто Кернберг сформулировал концепцию пограничной организации личности, как промежуточного уровня организации личности между невротическим и психотическим, с диффузией идентичности, расщеплением и нарушенными объектными отношениями (статьи 1960-х) и начал подчёркивать роль агрессии, примитивных защит и объектных отношений в патологии личности. Этот период заложил эмпирическую основу ТФП: терапия должна быть структурированной, фокусированной на переносе и адаптированной к слабому эго пациентов с пограничной организацией личности.
С 1976 года происходит систематическое развитие метода на основе этих результатов, современной теории объектных отношений, операционализируются техники (интерпретация переноса, техническая нейтральность, использование контрпереноса); разрабатывается понятие контракта для удержания рамок при отыгрывании, а также происходит отделение аналитических интервенций от поддерживающих. В 1980-е Кернберг публикует ключевые теоретические работы, где описывает стратегию, тактику и технику терапии для пограничного уровня организации личности. Это был переход от эмпирических наблюдений к модели.
Модель ТФП окончательно оформилась в 1990-е гг. Появились первые руководства, лечение стало полностью мануализированным: стратегии (долгосрочные цели), тактики (что делать в каждой сессии) и техники (интерпретации). Началась видеозапись сессий с разбор клинических случаев и тестирование мгипотез. ТФП вышла за рамки психоанализа, став стурктурированной модификацией для тяжёлых пациентов.
С 2000-гг. и по настоящее время происходит эмпирическая валидизация. Ведутся исследования нейрокогнитивных коррелятов, нарушений привязанности, рефлексивного функционирования. Происходит расширение метода на весь спектр расстройств личности, особенно нарциссическую патологию. ТФП продолжает развиваться: интегрирует данные нейронауки, применяется в разных культурах и форматах (индивидуально, иногда с группами).
Из эмпирического проекта выросла строгая психоаналитическая терапия, которая остаётся одной из немногих психоаналитических подходов с сильной исследовательской базой для лечения тяжёлых личностных расстройств.